E’ sicuramente l’operazione più caratteristica di questi artigiani. Per calafatare si intende l’introduzione di un trefolo di stoppa nell’interstizio fra una tavola e l’altra con particolari scalpelli e mazzuole per impedire all’acqua di entrare. I mazzuoli usati avevano due fessure verticali adatte a produrre un suono secco e nitido che faceva capire al calafato se la stoppa era ben inzeppata.
La protezione della parte sommersa dello scafo si otteneva cospargendola di pece. Le tavole del fasciame, ben asciutte, venivano riscaldate dal fuoco acceso in una particolare graticola per essere alla stessa temperatura della pece. La pece si cospargeva con un pennello ricavato dalla pelle di capra.